python SeqLengthPlot_v2.0.2.py -i input.fasta

python SeqLengthPlot_v2.0.2.py -i Assembly_Ss_SE.Trinity.fasta -o output --cutoff 1000 –nt --showplot

發(fā)現(xiàn)直接執(zhí)行上述命令會發(fā)生錯誤

原因是TkAgg是Matplotlib 的交互式后端，依賴 tkinter（Python的GUI 庫）。在 Linux 服務(wù)器等無顯示器的環(huán)境中，GUI不可用，導(dǎo)致此錯誤。這里解決的方案是使用非交互式后端（如Agg），并執(zhí)行以下命令：

python SeqLengthPlot_v2.0.2.py -i Assembly_Ss_SE.Trinity.fasta -o output --cutoff 1000 --nt --showplot --backend Agg

成功，無報錯信息，獲取結(jié)果文件。

基本選項：

?  -h, --help：顯示幫助信息；

?  -i INPUT, --input INPUT：必選參數(shù)，指定輸入FASTA文件的路徑；

?  -o OUTPUT, --output OUTPUT：指定輸出文件的目錄。如果沒有提供，默認(rèn)使用輸入文件所在的目錄。

序列處理選項：

?  --cutoff CUTOFF：設(shè)置分割序列的長度閾值（默認(rèn)值為200）；

?  --nt：指定輸入文件包含核苷酸序列（默認(rèn)選項）；

?  --prot：指定輸入文件包含蛋白質(zhì)序列。

可視化選項：

?  --showplot：啟用交互式顯示圖表（默認(rèn)不顯示）；

?  --backend BACKEND：設(shè)置繪圖的后端引擎（默認(rèn)是 TkAgg），對于Mac用戶，可以指定 MacOSX 以獲得更好的兼容性。

在結(jié)果文件中，還包含長度 ≥1000bp和<1000bp拆分后的fasta文件，seq_length_stats_by_cutoff_1000bp.txt文件可快速獲取數(shù)據(jù)集的統(tǒng)計摘要。