"撤稿重災(zāi)區(qū)”避坑指南:一項(xiàng)Meta分析揭示論文WB數(shù)據(jù)問題及應(yīng)對(duì)建議

來源: | 作者:/ | 發(fā)布時(shí)間: 2025-04-18 | 70 次瀏覽 | 分享到:

在這個(gè)“撤稿新聞滿天飛”的時(shí)代，多數(shù)撤稿文章都栽在WB或顯微圖片上。Western Blot作為數(shù)據(jù)造假的重災(zāi)區(qū)，研究者不應(yīng)忽視 WB 數(shù)據(jù)的可靠性，以免其研究成為“不可復(fù)現(xiàn)研究”的案例。WB數(shù)據(jù)可信度問題給很多研究人員帶來困擾，巨量的實(shí)驗(yàn)結(jié)果無法重復(fù)！

WB實(shí)驗(yàn)過程中的微小差異可能導(dǎo)致結(jié)果的顯著變化，進(jìn)而引發(fā)對(duì)實(shí)驗(yàn)可重復(fù)性的質(zhì)疑。

近年來，科學(xué)界對(duì)WB的可靠性和透明度提出了越來越多的關(guān)注，尤其是在圖像展示和方法報(bào)告方面存在的問題亟待解決。一項(xiàng)發(fā)表在 “PLoS Biology” 上的Meta薈萃研究系統(tǒng)性地審查了高影響力期刊中的551篇論文，深入分析了WB圖片問題的普遍性，并提出了一系列改進(jìn)建議，旨在提高WB數(shù)據(jù)的透明度和標(biāo)準(zhǔn)化程度。

薈萃分析選取了神經(jīng)科學(xué)和細(xì)胞生物學(xué)領(lǐng)域排名前25%的高影響力期刊，通過Dimensions數(shù)據(jù)庫檢索了2021年7月1日至7月31日期間發(fā)表的論文。經(jīng)過初步篩選，共獲得2426篇相關(guān)論文。隨后，使用開源的自動(dòng)化圖像篩選工具及進(jìn)一步的人工篩選，最終確定了551篇符合要求的論文。

該分析列出了WB數(shù)據(jù)三大方面問題：圖像展示、方法報(bào)告、數(shù)據(jù)呈現(xiàn)

1.圖像展示問題

1.1.過度剪裁：超過90%的論文僅展示了裁剪后的WB圖像，且超過80%的論文未在補(bǔ)充材料中提供原始未裁剪圖像。僅有極少數(shù)論文（7%的神經(jīng)科學(xué)論文和2%的細(xì)胞生物學(xué)論文）在補(bǔ)充材料中提供了完整的全長圖像。

論文中包含未剪裁WB圖片統(tǒng)計(jì)結(jié)果

1.2.分子量標(biāo)記缺失：超過95%的論文在WB圖像中未顯示分子量標(biāo)記。約三分之一的論文未標(biāo)注任何分子量標(biāo)簽，四分之一的論文僅標(biāo)注了一個(gè)分子量標(biāo)簽，且這些標(biāo)簽大多直接位于目標(biāo)蛋白條帶處，缺乏上下方的參考標(biāo)記。

WB圖片上標(biāo)注marker或分子量的統(tǒng)計(jì)結(jié)果

1.3.原始數(shù)據(jù)缺失：大部分論文（81%的神經(jīng)科學(xué)論文和92%的細(xì)胞生物學(xué)論文）未在補(bǔ)充材料中提供WB的原始數(shù)據(jù)，即使提供了原始數(shù)據(jù)，其中大部分也經(jīng)過了垂直裁剪或切割。

補(bǔ)充材料中包含未剪裁的WB圖片統(tǒng)計(jì)結(jié)果

2.方法報(bào)告問題

2.1.蛋白上樣量：約55%的神經(jīng)科學(xué)論文和78%的細(xì)胞生物學(xué)論文未報(bào)告蛋白質(zhì)上樣量。即使報(bào)告了上樣量，大多數(shù)論文僅提供了具體數(shù)值，而未說明其范圍或變異性。

論文中對(duì)蛋白上樣量進(jìn)行說明的統(tǒng)計(jì)結(jié)果

2.2.封閉條件：超過一半的論文未報(bào)告封閉時(shí)間，近一半的論文未提及封閉試劑的類型和濃度。

2.3.抗體信息：抗體信息的報(bào)告存在嚴(yán)重不足。約5%的論文未報(bào)告一抗的來源，40%的神經(jīng)科學(xué)論文和48%的細(xì)胞生物學(xué)論文未報(bào)告二抗的來源。目錄號(hào)和RRID（研究資源標(biāo)識(shí)符）的缺失更為普遍，尤其是在二抗的報(bào)告中。此外，抗體的稀釋度、孵育時(shí)間、溫度等關(guān)鍵孵育條件。

對(duì)抗體進(jìn)行詳細(xì)說明的統(tǒng)計(jì)結(jié)果

2.4.實(shí)驗(yàn)重復(fù)：由于報(bào)告質(zhì)量差，無法可靠地獲取實(shí)驗(yàn)重復(fù)的相關(guān)數(shù)據(jù)。大多數(shù)論文僅在圖注或方法部分模糊提及實(shí)驗(yàn)重復(fù)，未明確說明重復(fù)次數(shù)、樣本來源和處理方式。

3.數(shù)據(jù)呈現(xiàn)問題

在定量WB數(shù)據(jù)的呈現(xiàn)方面，神經(jīng)科學(xué)論文中86%和細(xì)胞生物學(xué)論文中54%使用了圖表展示。其中，柱狀圖是最常用的圖表類型（神經(jīng)科學(xué)44%，細(xì)胞生物學(xué)30%），其次是點(diǎn)圖（神經(jīng)科學(xué)40%，細(xì)胞生物學(xué)22%）。大樣本量圖表（如直方圖、箱線圖、小提琴圖）的使用非常罕見（均小于1%）。

是否對(duì)WB條帶進(jìn)行定量及展示方式統(tǒng)計(jì)結(jié)果

以上問題帶來的影響

圖像展示問題的影響：過度裁剪WB圖像可能導(dǎo)致讀者無法判斷抗體的特異性和目標(biāo)蛋白的完整性。分子量標(biāo)記和標(biāo)簽的缺失使得讀者無法準(zhǔn)確評(píng)估目標(biāo)蛋白的分子量，增加了結(jié)果誤判的風(fēng)險(xiǎn)。原始數(shù)據(jù)的缺失則嚴(yán)重影響了實(shí)驗(yàn)的可重復(fù)性，使得其他研究者難以驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)結(jié)果。
方法報(bào)告問題的影響：蛋白質(zhì)上樣量的不一致可能導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)結(jié)果的偏差。封閉條件的不同可能影響背景信號(hào)的強(qiáng)度，進(jìn)而干擾目標(biāo)蛋白的檢測。抗體信息的不完整報(bào)告使得其他研究者無法準(zhǔn)確重復(fù)實(shí)驗(yàn)，尤其是在抗體批次間存在差異的情況下。實(shí)驗(yàn)重復(fù)信息的缺失使得讀者無法評(píng)估實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性和穩(wěn)定性。
數(shù)據(jù)呈現(xiàn)問題的影響：柱狀圖雖然簡潔，但無法展示數(shù)據(jù)的分布和變異性，容易導(dǎo)致對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果的過度簡化和誤讀。相比之下，點(diǎn)圖可以更直觀地展示每個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)的位置，有助于讀者更全面地理解實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。

改進(jìn)建議

圖像展示改進(jìn)

提供原始數(shù)據(jù)：建議期刊要求作者在補(bǔ)充材料或公共數(shù)據(jù)存儲(chǔ)庫中提供所有WB的原始未裁剪圖像，以便讀者查閱和驗(yàn)證。
保留分子量標(biāo)記與標(biāo)簽：在發(fā)表的WB圖像中，應(yīng)始終包含可見的分子量標(biāo)記，并在目標(biāo)蛋白條帶的上下方標(biāo)注至少兩個(gè)分子量標(biāo)簽，以提供準(zhǔn)確的分子量參考。
合理裁剪圖像：在必須裁剪圖像時(shí)，應(yīng)確保裁剪區(qū)域包含足夠的上下文信息，如分子量標(biāo)記和相鄰條帶，避免過度裁剪導(dǎo)致信息丟失。

方法報(bào)告改進(jìn)

詳細(xì)報(bào)告實(shí)驗(yàn)參數(shù)：作者應(yīng)在方法部分詳細(xì)描述蛋白質(zhì)上樣量、封閉試劑的類型和濃度、抗體的來源（包括公司名稱、目錄號(hào)、RRID）、稀釋度、孵育時(shí)間和溫度等關(guān)鍵實(shí)驗(yàn)參數(shù)。
明確實(shí)驗(yàn)重復(fù)信息：應(yīng)明確說明實(shí)驗(yàn)重復(fù)的次數(shù)、樣本來源和處理方式，確保實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可重復(fù)性。
避免方法引用的模糊性：在引用已有方法時(shí)，應(yīng)確保引用的文獻(xiàn)詳細(xì)描述了相關(guān)實(shí)驗(yàn)步驟，并指出與當(dāng)前實(shí)驗(yàn)的差異和改進(jìn)之處。

數(shù)據(jù)呈現(xiàn)改進(jìn)

優(yōu)先使用點(diǎn)圖：對(duì)于小樣本量的WB定量數(shù)據(jù)，建議使用點(diǎn)圖來展示每個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)的位置，以提高數(shù)據(jù)的透明度和可讀性。
結(jié)合其他圖表類型：在適當(dāng)情況下，可以結(jié)合使用線圖（如時(shí)間進(jìn)程實(shí)驗(yàn)）、箱線圖或小提琴圖（如大樣本量數(shù)據(jù)）來更全面地展示數(shù)據(jù)分布。

結(jié)論

Western Blot在圖像展示和方法報(bào)告中存在的問題嚴(yán)重影響了實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可重復(fù)性和可信度。通過提供原始數(shù)據(jù)、保留關(guān)鍵實(shí)驗(yàn)信息、優(yōu)化數(shù)據(jù)呈現(xiàn)方式等改進(jìn)措施，可以顯著提高WB的透明度和標(biāo)準(zhǔn)化程度。本研究為研究者、期刊編輯和審稿人提供了具體的指導(dǎo)建議，有助于推動(dòng)WB技術(shù)在生命科學(xué)研究中的更廣泛、更可靠應(yīng)用。

參

考

文

獻(xiàn)

Blind spots on western blots: Assessment of common problems in western blot figures and methods reporting with recommendations to improve them. PLoS Biology. 2022.

* BIO-RAD是BIO-RAD LABORATORIES, INC. 在特定區(qū)域的商標(biāo)。

* 本產(chǎn)品僅用于科研用途，不用于臨床診斷。